Tras las elecciones en la junta de la Federación Catalana, el elegido para ocupar el cargo fue Pere Gratacós, quien procedía del filial del FC Barcelona e introdujo novedades, como convocar a un futbolista representante del fútbol amateur en cada partido. Durante esos años se mantiene el partido anual, contra selecciones latinoamericanas, pero en 2006 la selección celebra dos partidos: en mayo, ante Costa Rica (2-0), y en octubre ante la selección del País Vasco (2-2). Este último encuentro mantuvo un fuerte carácter reivindicativo, en el que ambas selecciones pidieron su reconocimiento oficial bajo el lema Una nación, una selección.