En la competición de Copa se han enfrentado en 18 ocasiones, con 8 victorias para el Athletic, 6 empates y 5 derrotas, pasando el club rojiblanco en siete de las nueve eliminatorias. Tras dos temporadas de transición bajo las órdenes de Joaquín Caparrós, llega al banquillo Miguel Ángel Lotina, con el que se logra en la Copa Intertoto la clasificación para jugar por quinta vez la Copa UEFA y se inicia un nuevo proyecto de reestructuración deportiva que pasó necesariamente por la mejora de la cantera (más de 15 canteranos se han estrenado en partidos bajo su mandato).