Tras unas temporadas convulsas, la entidad vasca regresó a la Segunda División el 1 de junio de 2013, venciendo en el partido de vuelta de la eliminatoria de ascenso al Real Jaén Club de Fútbol por 1-0, con gol de Viguera de penalti y tras cosechar un empate a un gol en el de ida disputado en el estadio de La Victoria. Debutó en Tercera División en la temporada 1946-47 y ese mismo año logró el ascenso a la Segunda División de la mano del técnico Valentín Reig «Picolín», exfutbolista valenciano del club.